برای برگزاری مسافرت جهادی، سیستمی جهت ساماندهی و اداره امور احتیاج است. هرساله تعدادی از فارغ التحصیلان دبیرستان مفید طی جلساتی گرد هم می آیند تا برای این امر برنامه ریزی داشته باشند. عوامل متعددی موجب شده است که ساختار کلی مسافرت ها در سال های اخیر حفظ شود. از مهمترین این عوامل می توان به رفاقت و صمیمیت موجود بین شرکت کنندگان اشاره کرد که هرساله باعث می شود که سعی و تلاش زیادی برای برگزاری این مسافرت انجام شود.
مسافرت جهادی فارغ التحصیلان دبیرستان مفید۱ حرکتی است خودجوش و مستقل، بدون هیچ گونه وابستگی ساختاری به سازمان‌ها ‌یا نهادهای دولتی و غیر دولتی که با اتکا بر حضور دانشجویانی که نقطه مشترک همگی آنان تحصیل در این دبیرستان است، در مناطق محروم و در ایام نوروز به پیش می رود.
جلسات مذکور تحت عنوان مجمع مسافرت جهادی تشکیل می شود و در واقع تصمیم گیرنده اصلی در راستای برگزاری مسافرت های جهادی می باشد. شرکت کلیه فارغ التحصیلان در مجمع آزاد می باشد و حق رأی طبق آیین نامه داخلی به شرکت کنندگان تعلق می گیرد. هماهنگی برگزاری جلسات، اداره جلسات، اطلاع رسانی و دیگر امور مرتبط با مجمع بر عهده دبیر مجمع می باشد که وی به مدت یکسال از سوی اعضا انتخاب می شود. در حقیقت اصلی ترین مرجع تصمیم گیری برای هر مسافرت مجمع همان مسافرت می باشد که تصمیم گیری ها در آن با هم فکری و هم اندیشی اعضای آن صورت می گیرد.